都営地下鉄大江戸線新御徒町駅の北、徒歩3分。創建の年代は明らかではないが、慶長16年（1611年）､権大僧都傳長法印の中興開基と伝えられている。後に東叡山寛永寺の塔頭(末寺)に編入され､寛永寺住職の隠居寺となったと言われる。 明治35年（1902年）に長野の善光寺より一光三尊如来を勧請して本尊とし､善光寺の出張所となって善光寺東京別院と呼ばれるようになった。その後各種の講社ができて､隆盛を極めた｡しかし、第二次世界大戦の頃に各講社は廃れ、昭和20年（1945年）の東京大空襲では本堂をはじめすべての伽藍焼失した。 現在の本堂は品川の毛利家より譲り受けた祖霊殿を移築したもの。本堂の脇には平成10年（1998年）に建てられた大きな観音像がある。 信濃の善光寺は天台宗寺院と浄土宗寺院の二つの宗派の寺院によって護持されており、この華蔵院は天台宗の寺院である。浄土宗寺院としては、港区青山に善光寺がある。
