東急田園都市線二子玉川駅の北、徒歩15分。徳治元年（1306年）、法印定音が小さな堂を建立して開創したのに始まる。 はじめは修験所であったが、天文2年（1533年）、郷士の長崎四郎左衛門が国分寺崖線の上の現在地に堂宇を移し、大日如来を本尊として安置して慈眼寺と称した。以後、長崎家の祈願所であり菩提寺でもあった。また、神仏分離が行われる以前は南隣の御嶽神社（現在の瀬田玉川神社）の別当寺であった。 現在の本堂は昭和50年（1975年）に再建されたもの。近年建て直された真新しい仁王門が美しい。
