東武伊勢崎線とうきょうスカイツリー駅の北西、徒歩5分。鉄牛道機和尚を開山として貞享2年(1685年)に圓通庵として創建されたと伝えられる黄檗宗の寺で、明治時代に曹洞宗に改宗した。 関東大震災や昭和20年(1945年)の東京大空襲で罹災し、戦後に現在名称の円通寺と改称した。現在の3階建ての寺院は平成2年(1990年)の建築で、2階に本堂があり、地下に墓地・納骨堂がある。 なお、押上2丁目にも同名の寺がある。