地下鉄南北線本駒込駅の北，徒歩8分。海洲和尚が師匠である虎哉（こさい）和尚を開山として、寛永7年（1630年）御茶ノ水で創建した。明暦の大火により当地へ移転したと言われる。 虎哉和尚は「梵天丸」と名乗っていた頃からの伊達政宗の指導者として知られており、その関係で寺は伊達家の菩提寺である宮城県の瑞巌寺と縁が深い。また、池波正太郎『鬼平犯科帳』の中の「盗賊婚礼」には「長谷川平蔵の実母のお墓が圓通寺に在る」として出ている。 境内は樹木が茂り、文京区の「保護樹林」に指定されている。本堂も桜の大樹で隠されているように見える。
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