地下鉄神保町駅の北、徒歩7分。明治5年(1872年)にパリ外国宣教会の司祭らが麹町にラテン学校を開設し、明治7年(1874年)に現在地に移転して聖フランシスコ・ザビエルを保護の聖人とする聖堂を設置したのに始まる。 その後火災や関東大震災で被災し、現在の聖堂は昭和3年(1928年)、マックス・ヒンデルの設計により建築されたもの。一部2階建ての鉄骨鉄筋コンクリート造りで、東京では数少ないロマネスク様式の建物は国の登録有形文化財に指定されている。内部はステンドグラスが美しい。 白百合学園・暁星学園はともにこの教会の地から発祥したことでも知られている。